Le virus Shamonda était inconnu de la médecine humaine mais pas des vétérinaires qui l’ont identifié dans les années 1960 au Nigéria sur des bovins infectés. Il fait la Une aujourd’hui de plusieurs médias parce qu’il a été reconnu responsable d’un décès survenu en France chez un homme de 61 ans. C’est le premier cas humain dû à ce virus. On n’a pas encore beaucoup d’informations sur ce patient, si ce n’est que l’on sait qu’il était immunodéprimé en raison d’une leucémie pré-existante. Il est décédé d’une forme encéphalitique de l’infection. On ne sait pas comment ce patient a contracté le virus, mais comme il n’était, semble-t-il, pas au contact avec des bovins, on peut suspecter qu’il ait été contaminé à la suite d’une piqûre de moucheron infecté dont on sait qu’il peut parcourir plusieurs kilomètres emporté par le vent.
Une arborvirose touchant essentiellement les bovins
Le virus Shamonda, un orthobunyavirus, ne se transmet pas entre mammifères mais se contracte par la piqûre d’insectes contaminés. L’arthropode vecteur en cause est un moucheron du genre culicoïde qui pique les animaux, surtout les vaches, mais aussi parfois les moutons et même les chevaux, et peut-être désormais les humains. Ce virus était cantonné à des territoires d’Afrique subsaharienne et d’Asie, notamment au Japon, jusqu’à ce qu’il arrive, cet été en Europe, où il a été identifié, d’abord en Allemagne, aux Pays-Bas et en Suisse, puis dans l’Est de la France dès juin dernier. Il s’est rapidement propagé sur le territoire national, puisque à ce jour plus de cinquante départements français l’ont recensé.
Il entraîne des symptômes assez bénins dans le cheptel, associant de la fièvre, de la diarrhée et une perte de production laitière, mais aussi parfois, des avortements spontanés. Absent jusqu’à cet été du sol européen, le virus Shamonda n’est pas sujet à des mesures de surveillance ni précautions particulières vis-à-vis des élevages. En particulier aucun abattage n’est imposé en cas d’identification de bovins infectés. Il est donc possible que l’extension de la propagation de ce virus chez l’animal soit encore sous-estimée tant en France qu’en Europe. Il n’y a ni vaccin ni traitement disponible, et les recommandations des vétérinaires aux éleveurs se contentent pour le moment de viser à protéger leur cheptel des moucherons piqueurs par une élimination de leurs larves sur les zones d’eau stagnante et par la désinsectisation des moyens de transport d’animaux.
Quel risque chez l’homme ?
Jusqu’au 22 octobre dernier, lorsque les autorités de santé françaises ont déclaré le décès du cas humain, personne n’aurait considéré que le virus Shamonda pouvait représenter un risque pour l’Homme. Chez l’animal, les symptômes rapportés régressent complètement en quelques jours. Alors a-t-on affaire à une mutation du virus ? Oui, car comme tous les virus, son génome mute en se répliquant, et la souche identifiée en France est nouvelle mais suffisamment proche pour être nommée comme le virus Shamonda, isolé au Nigéria dans les années 1960, sans être strictement identique à l’original, ce qui ne nous surprendra pas.
70 % des épidémies de maladies émergentes sont dues à des transmissions de l’animal vers l’Homme, raison pour laquelle ce type d’événement est suffisamment pris au sérieux pour que les autorités françaises aient jugé nécessaire de rapporter ce cas d’infection humaine au virus Shamonda à l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Mais des transmissions zoonotiques d’agents infectieux, c’est-à-dire entre l’animal et l’Homme, surviennent très fréquemment dans le monde, et la plupart n’entraînent aucun démarrage d’incendie épidémique et encore moins de pandémie. Aux Etats-Unis, par exemple, plus de 72 cas humains de grippe aviaire A/H5N1, transmis par des bovins, ont été rapportés au cours des deux dernières années, dont deux décès. Aucun cas n’a à ce jour entraîné d’épidémie chez l’Homme, mais la propagation de ce virus de grippe aviaire évolue rapidement et de manière préoccupante dans le cheptel bovin nord-américain.
Certes la dernière pandémie de grippe, d’origine porcine et due au virus A/H1N1, avait bien été la conséquence d’un passage initial du virus de l’animal vers l’Homme. De même, si l’origine précise de la pandémie de Covid-19 reste inconnue, on sait qu’une espèce de chauve-souris, appelée Rhinolophus, en est porteuse à l’état sauvage à la frontière de la Chine et du Laos. Toute l’histoire des émergences épidémiques conduit donc les autorités à rester vigilantes face à ce type d’événement, sans pour autant agiter l’alerte rouge au premier cas rapporté.
La santé n’est pas seulement humaine
Nous conservons une approche de la santé encore trop cloisonnée. Historiquement, les chercheurs se sont réparti l’étude des virus selon leur mode initial de propagation. Les facultés de médecine se sont intéressées aux virus à transmission humaine et leurs virologues ont le plus souvent bien peu d’expertise sur des virus comme Shamonda. Les écoles vétérinaires se sont préoccupées plutôt des virus qui attaquaient le cheptel de leur territoire, et bien peu de leurs virologues européens connaissent les virus frappant les élevages d’Afrique ou d’Asie. Aujourd’hui encore, les universités, les instituts de recherche, les agences sanitaires, les ministères, mais aussi les organisations internationales, tout le monde travaille dans son secteur, sans anticiper suffisamment que les virus ne respectent pas les barrières d’espèces, qu’ils sont sensibles aux conditions environnementales et à nos comportements. La santé humaine ne se préoccupe pas assez de santé animale et des conditions écologiques du milieu, et ainsi ne dispose pas d’une capacité de réponse très réactive face aux émergences épidémiques de maladies infectieuses.
S’est-on préoccupé par exemple de l’impact des chaleurs prolongées de l’été dernier en Europe sur la pullulation du moucheron culicoïde, vecteur du virus Shamonda ? Les pouvoirs publics ont pourtant appelé la communauté scientifique à ne plus négliger le dérèglement climatique ou la pollution de l’environnement afin de ne pas perdre des opportunités de mieux anticiper les futures émergences épidémiques. En effet, l’approche qui permet d’intégrer ces problèmes à l’interface de la santé humaine, animale et environnementale s’appelle « Une seule santé » (« One Health » en anglais). Or les diplomates européens ont souhaité intégrer cette approche dans le futur Accord sur les pandémies en cours de négociation à l’OMS, et la France a accueilli en avril dernier un sommet international sur ces questions, tentant ainsi de promouvoir une approche qui peine à remodeler le paysage académique et politique autour de ces questions.
Ce que le cas humain de Shamonda pourrait changer prochainement
Les cas de grippe aviaire transmis par les vaches laitières depuis deux ans aux Etats-Unis mentionnés plus haut ont suscité des craintes dès l’origine du phénomène, mais elles ne se sont heureusement jamais concrétisées malgré la répétition des cas humains. Aucune transmission interhumaine n’a été mise en évidence, la barrière d’espèce pour le moment a donc bien résisté. Aucun expert cependant ne s’aventurerait à prédire qu’elle tiendra indéfiniment. Si les autorités sanitaires ne sonnent pas encore le tocsin en raison d’un seul cas humain d’infection au virus Shamonda, fût-il dramatique, en revanche elles pourraient prôner à l’échelle européenne le renforcement des mesures de surveillance et de lutte contre ce virus dans les cheptels.
Pour la suite, la situation est potentiellement évolutive. Tout peut s’éteindre sans lendemain, en l’absence de nouvelles infections humaines et si le contrôle de l’épizootie chez les bovins s’avère suffisant. Mais si d’autres cas humains venaient à être rapportés dans le monde, voire si une contamination interhumaine devait être observée, ou si l’épizootie causait des dommages économiques importants, alors nul doute que les autorités nationales et internationales monteraient rapidement aux créneaux. Mais on reste loin aujourd’hui, semble-t-il, de tels scénarios.
Faudrait-il développer un vaccin contre le virus Shamonda ?
On ne peut bien sûr pas développer de vaccins contre tous les virus existants. Il existe une organisation internationale qui a été créée en 2017 à l’initiative de la Fondation Gates. Nommée Cepi (acronyme anglais de Coalition for epidemic preparedness innovations), elle est chargée de développer de nouveaux vaccins contre les crises sanitaires qui pourraient être causées par des agents infectieux émergents. Basée à Oslo, en Norvège, de nombreux Etats – dont la France – participent à cette coalition. Le réseau des Instituts Pasteur a signé un important contrat de partenariat avec Cepi. Mais l’organisation s’est fixée des priorités, ne pouvant pas traiter de tous les risques potentiels. Et le virus Shamonda ne figure pas actuellement dans la liste des préoccupations premières de l’organisation en termes de vaccins à développer chez l’homme.
Cepi a adopté l’approche « Une seule santé » évoquée plus haut en incluant dans ses priorités le développement de vaccins contre des virus à transmission zoonotique, comme celui contre le virus de la Fièvre de la Vallée du Rift qui infecte en Afrique des troupeaux et des populations humaines, contre le virus Nipah en Asie, ou encore, au Moyen-Orient, contre le coronavirus responsable du Mers qui se transmet par les dromadaires. Si le virus Shamonda devenait un véritable problème de santé publique, alors nul doute que des organisations comme Cepi se pencheraient rapidement sur le développement d’un vaccin, tant pour protéger la santé humaine qu’animale.
En conclusion
Le décès récent d’un homme, en France, d’une maladie initialement tropicale et quasiment cantonnée au cheptel bovin, vient nous rappeler que la communauté humaine est profondément liée à son environnement et notamment au règne animal. Ce triste événement nous montre aussi que les virus ne respectent pas les frontières et qu’aucune barrière d’espèces n’est infranchissable. La mobilité humaine s’est fortement accélérée au cours des dernières décennies, celle des animaux et des marchandises aussi. Tous ces éléments, combinés aux effets du dérèglement climatique et à l’accroissement de la population humaine contribuent à la multiplication des alertes qui nous sont rapportées en matière d’émergence d’agents infectieux.
Mais elles ne sont fort heureusement pas toutes responsables de flambées épidémiques et encore moins de pandémies. Il faut donc raison garder, savoir certes rester vigilants, anticiper ces risques émergents, prendre parfois les nécessaires précautions, mais se refuser d’agiter le spectre d’une crise sanitaire à la moindre alerte, car… rappelons-nous de la fable de Pierre et le Loup !
Antoine Flahault, professeur de santé publique à l’Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP) et à l’Université Paris Cité (Inserm IAME), auteur de Prévention positive (Flammarion).
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Author : Antoine Flahault
Publish date : 2026-10-24 07:30:00
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